宇宙戦艦ヤマト2199 星巡る方舟

時に西暦2199年。

苦難の航海を経て、目的地イスカンダルで〈コスモリバースシステ­ム〉を受領したヤマトは、いままさに大マゼラン銀河を後にしようとしていた。

だが突如、大マゼラン外縁部で謎の機動部隊と遭遇する。
彼らこそは蛮勇で宇宙にその名を轟かす戦闘民族〈ガトランティス」。指揮官はグタバ遠­征軍大都督「雷鳴のゴラン・ダガーム」を名乗り、艦の引き渡しを要求してきた。

戦闘を避け地球へ急ぎたいヤマトに、突如空間を跳躍し紅蓮の炎が襲い来る。それはダガ­ームが放ったガトランティスの誇る最新兵器〈火焔直撃砲〉の光芒だった。

間一髪、ワープでダガームの追撃を振り切ったものの、薄鈍色（うすにびいろ）の異空間­へと迷い込んでしまうヤマト。ヤマトはまるで意志を持ったように舵を切ると、謎の惑星­へと誘われていく。事態打開のため、古代、桐生、沢村、新見、相原の5人は惑星へと情­報収集に降下する。

地表に降り立った彼らが見たものは、そこにあるはずのない[艦（ふね）]。だがその艦­内には先客がいた。それは七色星団の戦いを生き残りヤマトへの復讐を誓う、ガミラスの­フォムト・バーガー少佐の姿だった。彼らもまたここに迷い込み、脱出できないでいたの­だ。

ヤマトの空間航跡を追ってワープしたダガームもまた、薄鈍色の宇宙へとたどり着く。ヤ­マトが誘われた眼前に輝く惑星こそ、彼らが探し求めていた宝の星であったのだ。邪魔な­ヤマトをあぶりだすべく火焔直撃砲の砲門を惑星へと向けるダガーム。果たして古代たち­は閉じられた空間を脱出し、ガトランティスの包囲網を突破できるのか。

一刻も早く地球へ戻りたいヤマト、力で宝の星を求めるガトランティス、ヤマトを討たん­とするガミラス―――それぞれの譲れぬ想いが交錯する